Ondanks de sterke punten zijn er ook duidelijke nadelen waar je rekening mee moet houden. Allereerst is de prijs per individuele radiatorknop relatief hoog. Als je meerdere kamers wilt uitrusten lopen de kosten snel op, waardoor de totale investering aanzienlijk kan zijn. Daarnaast is de knop afhankelijk van batterijen: hoewel Netatmo reclame maakt met een lange batterijduur, is die in de praktijk sterk afhankelijk van gebruik, signaalsterkte en temperatuurwisselingen. Batterijen vervang je niet ongemerkt — je moet de knop soms even demonteren, wat in combinatie met koude winters vervelend kan zijn.
Connectiviteit is een ander aandachtspunt. In sommige woningen merk je af en toe vertraging of wegvallen van de verbinding, vooral in huizen met veel betonnen vloeren of grote afstanden tussen apparaten. Dit resulteert soms in een vertraagde reactie op temperatuur-aanpassingen of het tijdelijk niet synchroniseren van schema’s. Verder zijn sommige geavanceerde functies deels afhankelijk van cloudservices; als de dienst tijdelijk niet beschikbaar is, kun je beperkt zijn in functies zoals historische grafieken of externe bediening. Ook kan de fysiek grotere knop bij sommige radiatoren in de weg zitten of niet esthetisch passen bij oudere kranen, ondanks de meegeleverde adapters.
Tot slot geldt dat automatische functies zoals Auto-Adapt niet in elke situatie perfect zijn en enige afstelling kunnen vereisen. In ruimtes met ongebruikelijke isolatie of warmtebronnen (zoals vloerverwarming of sterke zoninstraling) kan het gedrag minder voorspelbaar zijn, waardoor je handmatig moet bijsturen.
